Pesquisas com ênfase em Biodiversidade Marinha no Estado de Santa Catarina são desenvolvidas particularmente pela
Universidade do Vale do Itajaí (Univali), com destaque para recursos pesqueiros de alto-mar e de águas internacionais, e pela
Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC), com destaque para estudos de biodiversidade e ecologia de áreas costeiras.
Esta integração de pesquisas em biodiversidade marinha na Universidade Federal de Santa Catarina envolve vários laboratórios,
incluindo os Laboratórios de Biogeografia e Macroecologia Marinha, Laboratório de Crustáceos e Plâncton, Laboratório de Ecologia
e Taxonomia de Macroalgas, Laboratório de Biodiversidade Marinha e Laboratório de Ecologia de Ambientes Recifais.

As pesquisas com a fauna marinha de Santa Catarina tiveram início, entretanto, no séc. XIX, particularmente a partir de 1856 com a
chegada do naturalista Fritz Müller a Desterro (atual Florianópolis), onde permaneceu com a familia até 1867, mudando-se então
para Blumenau. Os estudos de Fritz Müller foram iniciados em Florianópolis com o grupo dos cnidários (águas-vivas, anêmonas, e corais).
Estas pesquisas com animais marinhos culminaram com a publicação de Für Darwin, o primeiro livro com fatos a favor a Teoria da Evolução
de Charles Darwin. Escrito por Müller com base em animais marinhos observados na Praia de Fora—parte do atual aterro da Beira-Mar Norte,
em Florianópolis—o livro insere Santa Catarina no contexto das grandes discussões científicas do século XIX. Tendo em vista seu imenso
legado para a Ciência, em 2009 a Universidade Federal de Santa Catarina concedeu o titulo de Dr. Honoris Causa Post Mortem a Fritz Müller.

Veja entrevista de Alberto Lindner sobre Fritz Müller, pioneiro da Biologia Marinha no Brasil.